Seri Koyuki hanya mencoba untuk memiliki kehidupan sekolah yang normal, tetapi sebaliknya ia akhirnya bertindak sebagai pria lurus ke teman sekelasnya yang aneh, Kabuto Hanadori. Kabuto adalah seorang siswa sekolah menengah delusi, yang fantasinya berkisar dari percaya bahwa ia adalah seorang ksatria dalam perjalanan, hingga mengklaim bahwa melepas penutup matanya akan melepaskan alter-ego yang lebih gelap yang ia sebut sebagai Michael Offenbarung Dunkelheit. Seri bertekad untuk tidak membiarkan dirinya didorong oleh Kabuto, tetapi tampaknya ini akan lebih mudah diucapkan daripada dilakukan!

Memenangkan turnamen tim sekolah menengah adalah prestasi besar bagi anggota Mizusawa. Masing-masing dari mereka telah membuat langkah besar dalam meningkatkan diri mereka sendiri, dan kemenangan melambangkan seberapa jauh mereka telah datang. Tetapi setelah mencapai satu tujuan, tujuan individu mereka berada dalam jangkauan. Chihaya Ayase memiliki pandangan tertuju pada Wakamiya Shinobu dan gelar Ratu, dan sekarang Taichi Mashima telah berhasil masuk ke Kelas A, ia akhirnya bisa bersaing dengan Arata Wataya. Semua orang di Mizusawa ingin menjadi lebih baik, dan tidak ada yang tahu apa yang akan terjadi di masa depan jika mereka terus berusaha.

Setelah pingsan di tempat kerja, seorang wanita muda terbangun di ruang belakang kafe tempat ia bekerja tanpa ada kenangan tentang hidupnya atau orang-orang di sekitarnya. Dua temannya, yang dia segera tahu bernama Shin dan Toma, dipanggil untuk membantunya pulang dengan selamat. Begitu dia sendirian, dia bertemu dengan seorang bocah lelaki bernama Orion yang hanya bisa dia lihat dan dengar. Dia menjelaskan bahwa dia kehilangan ingatannya karena kesempatan kunjungannya ke dunianya, jadi dia berjanji untuk membantunya mengingat siapa dia.

Namun, mendapatkan kembali ingatannya yang telah pergi tanpa khawatir orang-orang di sekitarnya mungkin lebih sulit daripada yang disadarinya. Selain Shin yang suram dan Toma yang protektif, dia harus waspada terhadap kecurigaan Ikki yang menawan, Kent yang cerdas, dan seorang pria misterius yang bersembunyi di kejauhan. Ketika amnesia menjeratnya dalam kehidupan masing-masing pria ini, ingatannya yang terfragmentasi kembali sepotong demi sepotong, dan misteri keadaannya perlahan-lahan terungkap.

Akademi Militer Barsburg Empire dikenal untuk melatih para elit yang membawa kemenangan ke kekaisaran. Para siswa di akademi secara bebas memanfaatkan kemampuan yang disebut “Zaiphon” untuk bertarung, sedangkan jenis-jenis Zaiphon yang dapat digunakan tergantung pada sifat prajurit.

Teito Klein, seorang siswa di akademi, adalah salah satu prajurit paling menjanjikan yang diproduksi. Meskipun diejek oleh semua orang karena menjadi sklave (bahasa Jerman untuk budak) tanpa kenangan masa lalunya, ia berteman dengan seorang mahasiswa bernama Mikage. Sambil mempersiapkan ujian akhir, Teito mengungkap rahasia kelam yang terkait dengan masa lalunya. Ketika upaya untuk membunuh Ayanami, seorang pejabat tinggi yang membunuh ayahnya, gagal, Teito dikunci menunggu hukuman.

Hanya menginginkan yang terbaik untuk Teito, Mikage membantunya melarikan diri. Teito berakhir di Gereja Distrik 7 di mana ia diterima oleh para uskup. Di sinilah Teito berusaha untuk menghindari genggaman Ayanami dan Militer, sehingga ia dapat menemukan kembali ingatannya dan belajar mengapa ia adalah orang yang dapat mengubah nasib dunia.

Sejak mendiang ibunya membawanya ke akuarium ketika dia masih muda, Tsukimi Kurashita telah terobsesi dengan ubur-ubur, membandingkan tentakel mereka yang mengalir dengan gaun putih seorang putri. Sekarang tinggal bersama lima perempuan otaku yang menganggur lainnya, Tsukimi yang berusia 19 tahun menghabiskan hari-harinya sebagai orang buangan sosial yang bermimpi menjadi ilustrator.

Namun, hidupnya berubah selamanya ketika suatu hari, seorang wanita cantik secara tak terduga membantunya menyelamatkan ubur-ubur di toko hewan peliharaan setempat. Sejak saat itu, orang asing itu — percaya diri, modis, dan sangat bertolak belakang dengan Tsukimi dan teman-teman sekamarnya — mulai mengunjungi gedung gadis-gadis itu secara teratur. Hipster yang trendi ini, meskipun pada awalnya tampak dangkal, menyimpan beberapa rahasia sendiri, dimulai dengan fakta bahwa “dia” sama sekali bukan perempuan, tetapi seorang mahasiswa pria kaya bernama Kuranosuke Koibuchi!

Saat mencari sahabatnya yang berharga, seorang bocah lelaki bernama Nai menjadi tawanan seorang wanita cantik, yang penampilannya hanya cocok dengan seleranya untuk daging manusia. Sementara Gareki, seorang pencuri yang cerdik, tengah merampok rumahnya yang mewah. Setelah menyebabkan gangguan, Gareki setuju untuk membantu Nai melarikan diri, tetapi mereka ditemukan sekembalinya wanita itu. Ketika dia berubah menjadi monster yang mengerikan, anak-anak itu melarikan diri.

Dalam pelarian, Nai dan Gareki ditemukan oleh “Circus,” sebuah agen pertahanan pemerintah yang terlalu sulit menangani kegiatan kriminal bagi polisi untuk menangani dan melindungi warga sipil dari “varuga” – monster mengerikan yang melahap manusia untuk makanan. Dengan harapan hal itu akan menuntun Nai ke teman yang hilang, dia dan Gareki memutuskan untuk bergabung dengan Circus. Dalam perjalanan berbahaya mereka, mereka menghadapi varuga berbahaya dan mulai mengungkap rahasia di balik organisasi bayangan yang dikenal sebagai Kafka.

Tomari Hinowa adalah siswa sekolah menengah biasa, sampai suatu hari dia diberitahu bahwa dia harus menjadi istri makhluk misterius bernama Kanenogi. Ini adalah awal dari kehidupan mereka yang baru menikah.

Setelah diberi kesempatan untuk belajar di Paris, Noda menemani Chiaki ke Eropa saat dia berusaha untuk menjadi konduktor ulung yang selalu dia impikan.

Shinichi Chiaki adalah musisi kelas pertama yang bermimpi untuk bermain di kalangan elit di Eropa. Berasal dari keluarga terhormat, ia adalah seorang perfeksionis yang terkenal – bukan saja ia sangat kritis terhadap dirinya sendiri, tetapi juga orang lain. Satu-satunya hal yang menghentikan Shinichi pergi ke Eropa adalah ketakutannya terbang. Akibatnya, dia dihukum di Jepang.

Selama tahun keempatnya di universitas musik ternama Jepang, Shinichi bertemu dengan Megumi Noda atau, saat dia mengacu pada dirinya sendiri, Nodame. Di permukaan, dia tampaknya adalah seorang gadis yang tidak terawat tanpa arah dalam hidup. Namun, ketika Shinichi mendengar Nodame memainkan piano untuk pertama kalinya, dia kagum dengan jenis musik yang dia ciptakan. Namun demikian, Shinichi kecewa untuk menemukan bahwa Nodame adalah tetangganya, dan lebih buruk lagi, ia akhirnya jatuh cinta padanya.